I costi delle università telematiche variano significativamente da un ateneo all'altro e in base al tipo di corso scelto. Le rette annuali per i corsi di laurea oscillano generalmente tra 1.500 e 5.000 euro, una forbice che riflette le diverse politiche tariffarie degli 11 atenei riconosciuti dal MUR. Alcune università applicano una retta fissa annuale indipendente dal numero di esami sostenuti, mentre altre possono prevedere costi aggiuntivi per servizi specifici.
Uno degli aspetti più importanti da considerare sono le convenzioni. Quasi tutte le università telematiche offrono tariffe agevolate attraverso accordi con enti, aziende, sindacati, associazioni professionali e forze dell'ordine. Le convenzioni possono ridurre la retta fino al 30-50% rispetto al costo standard. È consigliabile verificare sempre se si ha diritto a una convenzione prima di formalizzare l'iscrizione, perché il risparmio può essere considerevole nel corso dell'intero percorso di studi.
Per i master, i costi sono ancora più variabili: si parte da circa 500 euro per master di primo livello fino a superare i 3.000-4.000 euro per master specialistici di secondo livello. Molti master offrono punteggi aggiuntivi per le graduatorie GPS degli insegnanti, il che li rende particolarmente richiesti nel settore della formazione. I costi dei master includono generalmente l'iscrizione, l'accesso alla piattaforma, il materiale didattico e il rilascio del titolo.
Oltre alla retta annuale, è bene considerare eventuali costi accessori: tassa di iscrizione iniziale (una tantum), contributo per gli esami (in alcuni atenei), costi di segreteria per il rilascio del titolo e marca da bollo. Tuttavia, studiando online si risparmia significativamente su trasporti, affitto, libri di testo (spesso inclusi nel materiale digitale) e pasti fuori casa. Un'analisi complessiva dimostra che, nella maggior parte dei casi, il costo totale di una laurea telematica è inferiore o paragonabile a quello di un'università tradizionale, soprattutto per gli studenti fuorisede.